Онтогенез многоклеточных организмов более сложен. В нём можно выделить зародышевый, или эмбриональный (греч - embryon - зародыш), период развития, период пост: эмбрионального развития и стадию взрослого организма. Заканчивается онтогенез старением и смертью организма. Иногда в составе онтогенеза рассматривают стадию предзародышевого развития, включающую образование половых клеток и их слияние. Различные периоды онтогенеза по-разному выражены у разных многоклеточных. Например, у грибов, водорослей и лишайников зародыш отсутствует. Относительная продолжительность различных периодов онтогенеза у разных видов также может отличаться. Так, у млекопитающих наиболее продолжительным является период, когда организм находится во взрослом состоянии. У многих насекомых наоборот, стадия взрослого организма самая короткая. Иногда насекомое во взрослом состоянии живет всего несколько часов (например, поденки) При половом размножении развитие начинается с зиготы (греч. zygota - соединенная в пару). Зигота обычно возникает в результате слияния мужской и женской половых клеток.