Это выражение связано с буквой старославянского алфавита, Ѵ, ѵ, которая называется «Ижица». Она чем-то напоминает кнут. Из-за этого появилось выражение «прописать ижицу», которое означает «выпороть, выдрать», а в более широком смысле – «дать крепкий нагоняй».