Если система образования постепенно преодолевает трудности, то наука в условиях кризиса без поддержки со стороны государства обречена на разрушение. После распада СССР прямой наследницей и преемницей Академии наук СССР стала Российская АН. 90% академических учреждений находилось на территории России, но значительная часть исследовательской базы – обсерватории, биостанции, лаборатории – остались в распоряжении других республик. Ликвидация политических и идеологических преград, мешавших научным контактам в советский период, позволила отечественной науке выйти из относительной изоляции и органически войти в мировое научное сообщество. Вместе с тем крах социалистической системы привел к разрушению налаженных научных связей с бывшими советскими республиками и странами Восточной Европы. С 1991 г. резко сократилось финансирование научных учреждений, упал спрос на научную продукцию, что привело к тяжелым последствиям. Раньше 70% государственных ассигнований на науку предназначались на проекты, имевшие оборонное значение. Свертывание военно-промышленного комплекса неизбежно сказалось на обслуживавшей его научно-исследовательской базе. Невостребованной оказалась прикладная наука. Разрушен рынок научной литературы неспособной конкурировать с книгами массового спроса. В 1993 году средства, выделенные на науку, были в 30 раз меньше суммы, необходимой для поддержания ее на уровне мировых стандартов. Усилилась утечка мозгов из науки. Возникли проблемы с воспроизводством кадров, с научно-вспомогательным персоналом. Россия переживает переходный период от тоталитарной к демократической общественно-политической системе, формируется гражданское общество, основанное на свободе народа и новая роль государства, признающая приоритет прав человека.