На диске собственно хранятся не файлы, а их кодировки в виде намагниченных точек. Операционная система компьютера преобразует кодировки файлов в изображение на мониторе, создавая тем самым графический интерфейс пользователя. Архитектура почти всех ОС построена по принципу дерева от корня(Локального диска) - к веточкам(папкам, подпапкам и файлам), к сведению, но это уже система транскодирования а не хранения, повторюсь опять, так как именно "Хранятся" намагниченные ячейки на жестком диске в прямом смысле этого понятия.
